Al término de la civilización más antigua que conocemos y que habitó el valle del Indo entre el 3000 y el 1500 AC, la cultura Harapa, cultura que daba gran importancia a los aspectos sanitarios, los Arios trajeron consigo los Vedas, antiquísimos libros de sabiduría y rituales, entre el año 2000 y 1500 AC. Así, se asume que los Vedas se impregnaron de parte de esa civilización residente del subcontinente indio.

El Ayurveda deriva originariamente del Atharvaveda, uno de los 4 Vedas clásicos, junto con el Rigveda, Yayurveda y el Samaveda. El Atharveda es el más reciente, y existen algunos autores que sólo reconocen a los 3 últimos mencionados. De hecho, el Ayurveda es el Upaveda -Veda accesorio- del Atharvaveda.

Aunque los 4 Vedas, en su aspecto formal, sean colecciones de himnos escritos por los videntes conocidos como Rishis, por su tema el Atharvaveda difiere de los otros tres en cuanto parece ser un manual de magia, dando mucha importancia a la curación, la paz y la prosperidad, de la cual se basa la gran santa tradición ayurvédica de todos los tiempos. En los otros Vedas hay unas pocas referencias a tratamientos y encantamientos para recuperar la salud. En cambio, la mayoría de las referencias védicas a la sanación se encuentran en el Atharvaveda. Más de un centenar de sus himnos están dedicados a estados tan diversos, como las fiebres, afecciones de la piel, problemas respiratorios. cardiopatologías, infecciones intestinales y parásitos, estados nerviosos, afecciones hepáticas, envenenamientos, enfermedades óseas, usos tereapéuticos de plantas y substancias, tratamientos con encantamientos, etc; También el Atharvaveda tiene el importante atributo de dedicarle un espacio al enfoque de la salud del cuerpo, que es la base de la neo-medicina natural o medicina nutricional o medicina natural.

En todos los casos, el Ayurveda es parte de la sabiduría inmemorial que se difunde por los videntes o Rishis del Himalaya. Los sabios son a menudo doctores y la medicina se mantenía en estrecha relación con la cultura Védica. La medicina estaba en el origen de todas las culturas de la humanidad ya que esta es la forma más básica de cuidado social. Uno de los siete profetas del Rigveda, Bharadvaja era responsable de la transmisión de la ciencia del Ayurveda a los dominios de los dioses y a las más altas entidades cósmicas (particularmente Indra y el Ashvins).

Esta ciencia fue compilada hace más de 5.000 años en los antiguos textos sánscritos. En sus inicios, la tradición cuenta que fue revelada a los sabios o Rishis a través de los Vedas. Su registro más antiguo es el Rig Veda, una compilación de versos sobre la naturaleza de la existencia, que algunos investigadores lo datan de alrededor del 1500 A.C. El Rig Veda se refiere a la cosmología, conocida como Sankhya, el cual se cree es la base del Ayurveda y del Yoga. En el se encuentran material sobre la naturaleza de la salud y la enfermedad, patogenia y principios de tratamientos.

El Atharvaveda, del 800 A.C., lista las 8 divisiones del Ayurveda: medicina interna, cirugía de la cabeza y cuello, oftalmología y otorrino-laringología, cirugía, toxicología, psiquiatría, pediatria, gerontología y la ciencia de la fertilidad.

El Atreya Samhita es el más antiguo libro médico en el mundo y se conserva en la Universidad de Takshashila (cerca de lo que es Rawalpindi, Paquistán), institución de educación que estaba ya establecida a principios del siglo VI A.C. Al parecer funcionaba más bien como una concentración de sabios y sus discípulos, vivían a corta distancia para así facilitar el debate y el intercambio de ideas. Uno de los médicos que se forma en esta universidad, es Jivaka, asesor del rey Bimbisara de Magadha (hoy parte del estado de Bihar), a quien el rey designó personalmente para que se preocupara de la salud de Gautama Buda y de sus seguidores.

En la ciudad de Benares, al 500 A.C., aparece Sushruta, un cirujano que desarrolla una técnica operativa de rhinoplastia (cirugía plástica) y escribe el Sushruta Samhita, el cual describe un alto desarrollo quirúrgico. Shushruta también tiene el mérito de reconocer la existencia de 107 Marmas o puntos donde se cruzan líneas estructurales corporales y sutiles (energéticas), que hoy la medicina china conoce como tzubos o puntos especiales de los meridianos de acupuntura.

Hacia el año 326 AC, Alejandro Magno invade el norte de la India y, aunque es probable que el conocimiento médico indio ya hubiera llegado a Grecia, los médicos ayurvédicos le impresionan de tal manera que les confía todos los casos de envenenamiento. Al terminar de la campaña, incorpora a algunos de estos médicos en su séquito.

En el siglo III AC, el emperador Ashoka se convierte al budismo y motivado por la compasión, manda construir hospitales, que pasan a poseer instalaciones muy especializadas, tanto para los hombres como para los animales. También, las embajadas y misiones budistas que envía propagan el Ayurdeva a muchos países vecinos, incluyendo a Sri Lanka, donde su práctica adaptada a su realidad se mantiene hasta el día de hoy, conocida como Medicina Integrada.
En los años 100 D.C:, otro médico, Charaka, revisa y suplementa el Atreya Samhita; el Charaka Samhita es el mayor trabajo en medicina interna. El Charaka Samhita es una obra monumental, que en volumen triplica aproximadamente al Corpus de la medicina hipocrática. Contiene 120 capítulos reunidos en 8 sthanas o secciones: Sutra (30): origen del Ayurveda y sus pricipios; Nidana (8): causa de las enfermedades; Vimana (8): fisiología; Sharira: anatomía y embriología, Indriya (12): pronóstico; Chikitsa (30): terapéutica; Kalpa (12): farmacia o productos curativos; Siddhi (12): terapia de purificación.

Sin embargo, hoy en día el Ayurveda no está tan claramente diferenciada de la curación espiritual o física como en tiempos pasados (el pensamiento está siempre conectado con estas disciplinas). Por ejemplo, el Rigveda insiste en los tres poderes ayurvédicos principales como Indra (Prana o Vata), Agni (Pitta) y Soma (Kapha) y el Atharvaveda, texto posterior y precursor del Ayurveda, añade mantras y varias plantas para curar enfermedades así como el uso de gemas y amuletos.

Algunos dominios de esta temprana forma de Ayurveda se convierten en las bases de muchas de las demás antiguas formas de medicina y en la madre de todas las ciencias curativas del mundo antiguo desde Grecia hasta China e incluso del Nuevo Mundo. Realmente todos estos sistemas de medicina tradicional se refieren a formas energéticas de curación, y el Ayurveda tiene un papel central en todos ellos.

Después del período inicial, la cultura de la India se vuelve más diversificada, difundiéndose en diferentes zonas del sudeste asiático. El Ayurveda fue adoptado por diferentes religiones regionales, como el Budismo, el Jainismo y sufrió modificaciones bajo la influencia de diferentes sistemas de pensamiento, incluyendo el Chino, Griego e Islámico, siendo estos también influenciados a su vez por el Ayurveda.

El gran sabio Nagarjuna, probablemente la figura más importante después de Buda en la tradición Budista en Mahayana (al norte), fue un doctor ayurvédico, que escribió un comentario del Sushruta y desarrolló algunos preparados alquímicos usados aun hoy en día. El acercamiento ayurvédico se renovó gracias a Vagbhatta, un clásico, que difundió el tercero de los principales textos ayurvédicos, Ashtanga Hridaya (500 D.C.).

Los budistas, que favorecían todas las formas de aprendizaje, establecieron auténticas universidades para la enseñanza del budismo, de la tradición védica y otros temas académicos. La más famosa de las universidades fue de la de Nalanda, en Bihar, que se fundó durante el siglo IV DC. y prosperó hasta el siglo XII.

Alrededor del 400 D.C., el Ayurveda es traducido al chino y alrededor del 700 D.C., los estudiantes chinos estudiaban medicina en la India, en la Universidad de Nalanda. El siglo VIII DC vió además la aparición del Madhava Nidana, un tratado sobre el arte de diagnosticar. También los trabajos ayurvédicos son traducidos al árabe, alrededor del 800 D.C. Avicena cita los textos indios en su trabajo. Y tengamos presente que Avicena influyó poderosamente en Paracelso, gran alquimista, que es considerado como el padre de la medicina occidental. Se sabe que la medicina islámica tuvo una gran influencia en la formación de la tradición médica europea.

El primer colapso en la difusión del Ayurveda en la India, acaece cuando las oleadas de invasores musulmanes invaden el norte de la India entre los siglos X y XII DC, masacrando en masa a los monjes budistas que se resistían en contra de toda clase de ritualización y optaban por practicar la no resistencia Se destruyeron a su paso muchas universidades y bibliotecas. A pesar de estas catástrofes y de que los conquistadores musulmanes trajeron a la India su propia medicina, conocida como Unani Tibbia, el Ayurveda sobrevivió. Muchos ayurvédicos huyeron a Nepal y al Tibet, donde ya era conocido desde el siglo VIII AC. En verdad, el Unani (palabra que significa griego) era una disciplina producto de la combinación entre la medicina griega, que ya había sido influida por el Ayurveda, con las prácticas ayurvédicas, que habían compilado de traducciones persas anteriores, en los comienzos de la era "moderna", cuando los sasánidas controlaban parcialmente el norte de la India.

Una segunda catástrofe similar ocurre en la edad contemporánea, por la incursión de la medicina alopática, que de manera más sutil combate a la medicina ayurvédica, imponiéndose gracias a la protección estatal. Existe la percepción que la protección oficial fue un factor importante en la difusión de la alopatía en la India. Esta llega, gracias al interés comercial que las especias habían despertado en uno de los más importantes monopolios ingleses, la Compañía de las Indias, que proporcionó la apertura de rutas comerciales seguras al Oriente. Este dilatado proceso ocurre entre los siglos XVI y el XX, tiempo en el que hay bastante intercambio entre los médicos occidentales y sus colegas indios.

Posteriormente a esta invasión "pacífica", y gracias al nacionalismo indio, a comienzos del siglo XX, vuelve a despertar el interés por el arte y la ciencia de la India, y el Ayurveda vuelve gradualmente a recuperarse.

El Charaka Samhita y el Sushruta Samhita, se han convertido en los principales libros de texto de Ayurveda en nuestros días. Ahora, hasta se habla de Ayurveda Cuántico o Medicina Cuántica, conforme a los aportes de varios científicos ayurvédicos contemporáneos, entre los cuales se ha destacado el famoso Dr. Deepak Chopra, conocido en occidente por sus numerosas publicaciones.

La mayor parte de la alquimia del Ayurveda y el uso de preparados minerales especiales, tan importantes hoy en día, provienen de la edad media. Fueron ideados para reemplazar a la Soma, la planta mágica curativa de la temprana era Védica, el secreto de la cual se perdió en tiempos posteriores.

Actualmente el Ayurveda, como otras formas de medicina tradicional, está luchando para mantenerse en contra de las posturas cerradas y belicistas de la medicina Occidental, si bien en algunos casos ha adoptando algunos aspectos de ella. Por añadidura se está asociando con otras formas de curación natural y naturopatía y homeopatía. En esta importación por Occidente, se vuelven a recuperar ciertos aspectos de su forma original como medicina natural, con una visión amplia y acompañada de sus antecedentes espirituales, como las terapias de yoga.